עמותת מרחבים בניהול עצמי מובילה מודל המאפשר בחירה ואוטונומיה לתלמידים, סטודנטים, מורים ומנהלים בבתי הספר ובאקדמיה, על מנת לאפשר להם לקחת אחריות על תהליכי הלמידה וההובלה שלהם.
חברי העמותה מלווים את צוותי הארגונים השונים ביצירת תהליכים חינוכיים, פדגוגיים וחברתיים, המבוססים על מתן אוטונומיה בתוך מסגרת גבולות מוגדרת מראש. תהליכים אלו מפתחים בקרב חברי הארגון מוטיבציה פנימית, תחושת שייכות, מסוגלות עצמית וזהות אישית וארגונית. המודל מחזק את החוסן האישי של המשתתפים בתהליך ומעודד לאקטיביזם, מעורבות חברתית ומנהיגות מקומית.