אחת התוכניות הרחבות והמשמעותיות הנשענת על מודל הניהול העצמי היא המכינה הבית-ספרית בשכבת יב. הצוות החינוכי בונה את המסגרת האוטונומית של המכינה בדגש על היכרות עם החברה ישראלית או דגש חינוכי אחר לבחירתם. מתוך מסגרת זו התלמידים בוחרים בתחילת השנה את הנושאים שמעניינים אותם ובהם הם רוצים להתעמק, ולקראת תקופת המכינה – המתקיימת במשך חודש או חודשיים אחרי בגרויות החורף ולפני חופשת הפסח – הם לומדים ומעמיקים בנושאים הנבחרים.
ניתן לקיים את המכינה גם לאורך כל המחצית השנייה ולכלול בתוכה את טקסי הזיכרון ואירועי הסיום השכבתיים. אפשר אף לקיים בדרך זו מכינה למשך כל שנת יב ולשלב בה נושאים רלוונטיים הקשורים ללימודי ההיסטוריה, תנ"ך, אזרחות וכדו'.
בתקופת המכינה כל כיתה מלמדת את שאר תלמידי השכבה את הנושאים שבהם בחרה לעסוק, מזמינה מרצים, מקיימת סיורים ופעילויות כדי שהלמידה תהיה רלוונטית וחווייתית. לקראת סוף המכינה יוצאים התלמידים למסע בחברה הישראלית. המסע כולו נערך בהובלה עצמית של התלמידים, ומשובצים מפגשים העוסקים בנושאים שנבחרו ומסלולי טיול להיכרות עם הארץ ועם החברה.
ייחודיות הפרויקט בשנת תשפ"א
השנה לנוכח מגפת הקורונה מצאו את עצמם תלמידי יב את עצמם מבודדים בבתים, ללא יכולות לנהל קשרים חברתיים, ללא אפשרות להגיע לבית הספר ולהיחשף לרצף למידה, פיתוח כלים ומיומנויות, חוויות ערכיות, תהליכי פרידה והכנה לשלב הבא בחיים.

אודי תמיר מנהל מרחב מכינות בית ספריות
משרד החינוך זיהה את הקושי של תלמידי יב השנה ומעוניין לנסות ולהעניק להם חוויה משמעותית ערכית לפני גיוסם לצבא. על מנת לתת להם כלים ולפתח מוטיבציה לשירות צבאי משמעותי. לצורך כך הוקם צוות היגוי בכיר למתן פתרונות ויצא קול קורא לפרויקט "מכינה לחיים" מטעם מנהל חברה ונוער.